Katedra Mikrobiologii Wydział Lekarski UJ | Centrum Transferu Technologii CITTRU Uniwersytetu Jagiellońskiego

BAZA USŁUG BADAWCZYCH

Uniwersytetu Jagiellońskiego

Katedra Mikrobiologii Wydział Lekarski UJ

słowa kluczowe: badania molekularne, dochodzenia epidemiologiczne, badania zawartości i żywotności bakterii, patogenność paciorkowców grup A i B, biomateriały, epidemiologia zakażeń, mechanizmy regulacji powstawania biofilmu bakteryjnego, mikrobiologia jamy ustnej pacjentów, zakażenia szpitalne

numer oferty: 90

tematyka badań:

Badania molekularne w dochodzeniach epidemiologicznych;
Badania molekularne (PCR, FISH, PFGE) w badaniach naukowych;
Badania zawartości i żywotności bakterii w preparatach probiotycznych i produktach na bazie tych bakterii;
Badania nad patogennością paciorkowców grup A i B;
Biomateriały;
Epidemiologia zakażeń o różnej etiologii w grupach pacjentów o szczególnym narażeniu, w tym noworodków z małą masą urodzeniową oraz rezydentów opieki długoterminowej;
Mechanizmy regulacji powstawania biofilmu bakteryjnego;
Mikrobiologia jamy ustnej pacjentów z zaburzeniami odżywiania;
Ocena wrażliwość grzybów na antymykotyki;
Probiotyki w regulacji mikroflory dróg rodnych;
Zakażenia szpitalne – epidemiologia, aspekty prawne i ekonomiczne;
Znaczenie mikroflory przewodu pokarmowego w zaostrzeniu i remisji przewlekłych stanów zapalnych jelita, to jest w chorobie Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejącym zapaleniu jelita grubego, oraz w cukrzycy i otyłości;
Badania skuteczności procesów sterylizacji – sporal A;
Badania mikrobiologiczne środowiskowe;
Badania czystości mikrobiologicznej preparatów kosmetycznych;
Ocena zdolności tworzenia biofilmów przez grzyby;
Epidemiologia zakażeń grzybiczych;
Określanie determinant patogenności grzybów;
Występowanie i wrażliwość na leki grzybów z rodzaju Malassezia na skórze;
Występowanie pleśnic paznokci wraz z charakterystyką czynników etiologicznych;
Grzybice powierzchniowe pacjentów zakażonych HIV;
Mykologia środowiskowa;
Ocena wrażliwość grzybów na antymykotyki;
Poszukiwanie nowych związków o działaniu przeciwgrzybiczym;
Poszukiwanie determinant patogenności grzybów z grupy „emerging pathogens” m. in. Rhodotorula, Scopulariopsis;
Badania mechanizmów infekcji herpeswirusowych;
Badania procesów onkogenezy stymulowanej zakażeniem HPV;
Badania nad rolą chorobotwórczą mykoplazm i chlamydii;
Korelacje pomiędzy patogenami w infekcjach mieszanych: wirusowych, mykoplazmowych i chlamydiowych;
Badanie aktywności przeciwwirusowej związków chemicznych na modelu wirusów DNA i RNA;
Badanie toksyczności związków chemicznych dla komórek ludzkich i zwierzęcych w warunkach in vitro;
Wykrywanie kontaminacji mykoplazmami hodowli komórek i surowic zwierzęcych metodami hodowlanymi i molekularnymi.

aparatura:

Termocykler real time CFX 96 (BioRad); 2010 – amplifikacja kwasów nukleinowych w czasie rzeczywistym;
Termocykler T100 (BioRad); 2012 – amplifikacja kwasów nukleinowych;
Termocykler DNA Engine (BioRad); 2008 – amplifikacja kwasów nukleinowych;
Termocykler real time 7500 Fast (Applied Biosystems); 2008 – amplifikacja kwasów nukleinowych w czasie rzeczywistym i genotypowanie wirusów;
Aparat do elektroforezy pulsacyjnej PFGE CHEF-DR II (BioRad); 2000 – genotypowanie bakterii;
Aparat do elektroforezy pulsacyjnej PFGE CHEF-DR III (BioRad); 2009 – genotypowanie bakterii;
Mikroskop fluorescencyjny (Olympus); 2001 – fluorescencyjna ocena komórek bakterii, linii komórkowych i grzybów;
Mikroskop optyczno-fluorescencyjny (Nikon); 2005 – wykrywanie zakażeń wirusowych;
Komory laminarne;
System do dokumentacji żeli GelDoc-It (UVP) 2009.

usługi:

Wszelkie materiały biologiczne – ludzkie wykorzystywane w diagnostyce bakteriologicznej, wirusologicznej , mykologicznej i parazylologicznej prowadzonej metodami klasycznymi i molekularnymi;
Wszelkie materiały biologiczne – zwierzęce wykorzystywane w diagnostyce bakteriologicznej, wirusologicznej , mykologicznej i parazylologicznej prowadzonej metodami klasycznymi i molekularnymi;
Próbki środowiskowe;
Izolaty bakterii (kolekcje);
Próbki produktów leczniczych i żywności;
Próbki DNA;
Indykatory biologiczne kontroli skuteczności procesu sterylizacji;
Preparaty kosmetyczne;
Wyroby medyczne;
Ocena produktów żywnościowych (jogurty, nabiał);
Analizy dotyczące funkcjonowania kontroli zakażeń w jednostkach ochrony zdrowia, efektywności programów kontroli zakażeń, ocena systemu zarządzania bezpieczeństwem pacjenta;
Badania molekularne w dochodzeniach epidemiologicznych;
Identyfikacja biochemiczna i molekularna bakterii;
Ocena czystości powietrza, substancji, powierzchni;
Identyfikacja morfologiczna i biochemiczna grzybów;
Ocena wrażliwości grzybów i bakterii na leki;
Prowadzenie kursów i szkoleń w dziedzinie mikrobiologii i epidemiologii zakażeń.

Stosowane metody badawcze:

Metody mikroskopowe;
Hodowla mikrobiologiczna – także beztlenowa;
Izolacja DNA;
PCR , Real-time PCR;
PFGE;
FISH (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ);
Hodowle linii komórkowych;
Badanie biofilmu;
Diagnostyka mikrobiologiczna wraz z oceną lekooporności (EUCAST/CLSI);
Ocena jałowości;
Metody EUCAST / CLSI do oznaczania wrażliwości grzybów na antymykotyki metodą mikrorozcieńczeń w podłożu RPMI;
Klasyczne metody hodowli (w tym grzybów wymagających specjalnych podłoży – Malassezia);
Mikroskopowe metody identyfikacji grzybów wraz z dokumentacją fotograficzną;
Ocena preparatów mikroskopowych w kierunku grzybów - barwionych bielą CalcoFluor White (mikroskopia fluorescencyjna);
Opis naukowy izolatów grzybów.

doświadczenie / referencje / realizacje:

współpraca z Instytutem Przemysłu Skórzanego w Łodzi oddział w Krakowie;
zlecone badanie dla firmy Blirt;
współpraca z Klinikami i Szpitalami;
jeden z członków zespołu posiada dyplom ukończenia kursu Medical Mycology w Instytucie Pasteura w Paryżu;
W skład zespołu wchodzą diagności laboratoryjni, także ze specjalizacją z mikrobiologii;
jeden członek zespołu posiada certyfikat menagera IPMA level D;
ocena czystości powietrza w archiwum Urzędu Gminy w Drwini;
współpraca z firmą IBSS Biomed w Krakowie w ramach projektu INNOMED;
prowadzenie badań molekularnych w dochodzeniach epidemiologicznych.

forma współpracy: usługi badawcze, konsorcjum, projekt, inne

rodzaj usług badawczych: pomiary, analiza, ekspertyza, wynajem aparatury