BAZA USŁUG BADAWCZYCH
Uniwersytetu Jagiellońskiego
Ośrodek Bioinformatyki Małopolskie Centrum Biotechnologii
słowa kluczowe: bioinformatyka, biotechnologia, mechanizmy biofizyczne, funkcjonowanie błon komórkowych, struktura białka, funkcje białka, modelowanie homologiczne, eksploracja danych tekstowych, PubMed, biochemia, biofizyka, biotechnologia
numer oferty: 95
tematyka badań:
  • Podstawowe biofizyczne mechanizmy odpowiedzialne za funkcjonowanie błon komórkowych;
  • Przewidywanie struktury i biologicznej funkcji białka metodami modelowania homologicznego;
  • Eksploracja danych tekstowych zgromadzonych w bazie danych NCBI PubMed.
aparatura:
  • Wysokowydajny klaster obliczeniowy oparty o architekturę procesorów x86_64 pod kontrolą systemu CentOS;
  • System kolejkowania zadań PBS.
usługi:
  • Rozwój oprogramowania komputerowego wspomagającego budowę i parametryzację cząsteczek i układów molekularnych;
  • Parametryzacja cząsteczek o aktywności biologicznej.
Stosowane metody badawcze:
  • Metody mechaniki molekularnej;
  • Metody modelowania homologicznego.
doświadczenie / referencje / realizacje:
  • Współpraca naukowa z dr T. Rogiem z Tampere University of Technology, Finlandia, prof. K. Subczyńskim z Medical College of Wisconsin, USA, prof. A. Kusumi z Kyoto University, Japonia, prof. Geraldem Knellerem z Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, Orléans, Francja;
  • Atomowy opis struktury dynamicznej interfazy woda/błona – wykazanie obecności pomostów wodnych,  wody kotwiczącej w obszarze interfazy, oddziaływań elektrostatycznych;
  • Badanie wpływu cholesterolu na własności błony lipidowej;
  • Wyjaśnienie roli pozycji wiązania podwójnego w łańcuchach acylowych fosfolipidów w efekcie porządkującym cholesterolu na błony;
  • Budowa oraz scharakteryzowanie błon galaktolipidowych w fazie lamelarnej i heksagonalnej – stworzenie modelu błon tylakoidów (komórki roślinnej);
  • Budowa oraz scharakteryzowanie modeli wewnętrznej i zewnętrznej błony bakteryjnej;
  • Wykazanie braku stereospecyficzności w oddziaływaniach chiralnych anestetyków lokalnych z błoną lipidową;
  • Wykazanie korelacji między toksycznym działaniem niesteroidowych leków przeciwzapalnych a ich bezpośrednim oddziaływaniem z lipidami błonowymi;
  • Wykazanie istotnego wpływu ciężkiej wody na własności dynamiczne błon;
  • Zbudowanie relacyjnej bazy danych MySQL dla danych z PubMed, zaprojektowanie i wykonanie interfejsu do tej bazy kompatybilnego z systemem MoinMoin, zaimplementowanie metody wyszukiwania pokrewnych tematycznie dokumentów, wykorzystującej profile MeSH.
forma współpracy: usługi badawcze, konsorcjum, projekt, inne
rodzaj usług badawczych: pomiary, analiza, ekspertyza, wynajem aparatury

informacja / kontakt broker Uniwersytetu Jagiellońskiego

imię i nazwisko:
telefon: + 48 12 664 42 00
AKTUALNOŚCI
NAJNOWSZE INFORMACJE
Zapobieganie samobójstwom wśród osób pozbawionych wolności - Przewodnik dla funkcjonariuszy Służby Więziennej
W polskiej Służbie Więziennej tematyka prewencji suicydalnej jest istotnym zagadnieniem. Stale prowadzony jest monitoring prób samobójczych wśród osób pozbawionych wolności w Polsce przez Centralny Zarząd Służby Więziennej.
Naturalna i bezpieczna opalenizna – czy to możliwe?
Opalanie i wypoczynek na słońcu to jedna z najpopularniejszych form spędzania czasu podczas urlopu. Promienie słoneczne towarzyszą nam wszędzie – nie tylko podczas wylegiwania się na plaży, ale także gdy kąpiemy się w wodzie, spacerujemy po mieście, wędrujemy górskimi szlakami czy jeździmy na rowerze, rolkach czy nartach.
Innowacyjne rozwiązania informatyczne wykorzystywane w Life Science
Life science to nauka poświęcona jednemu z najważniejszych jeśli nie najważniejszemu obszarowi - ludzkiemu życiu. Zespoły naukowe na całym świecie nieustannie pracują nad stworzeniem innowacyjnych produktów mających na celu poprawić jakość naszego życia i zdrowia. Rosnące wymagania, walka z czasem, jak również coraz większa precyzja i efektywność uzyskiwanych algorytmów sprawia, iż rozwiązania IT coraz częściej wykorzystywane są w medycynie, farmacji i naukach biologicznych.
ZESPÓŁ
NASI PRACOWNICY
PARTNERZY
Klaster Lifescience KrakówPACTTJagiellońskie Centrum Innowacji
Kontakt
SKONTAKTUJ SIĘ Z NAMI
Centrum Transferu Technologii CITTRU
Uniwersytet Jagielloński
ul. Bobrzyńskiego 14,
30-348 Kraków

TELEFON:
+48 12 664 42 00
E-MAIL:
cittru@uj.edu.pl
Fundusze EuropejskieMNiSWInkubator InnowacyjnościUnia Europejska