BAZA USŁUG BADAWCZYCH
Uniwersytetu Jagiellońskiego
Ośrodek Bioinformatyki Małopolskie Centrum Biotechnologii
słowa kluczowe: bioinformatyka, biotechnologia, mechanizmy biofizyczne, funkcjonowanie błon komórkowych, struktura białka, funkcje białka, modelowanie homologiczne, eksploracja danych tekstowych, PubMed, biochemia, biofizyka, biotechnologia
numer oferty: 95
tematyka badań:
- Podstawowe biofizyczne mechanizmy odpowiedzialne za funkcjonowanie błon komórkowych;
- Przewidywanie struktury i biologicznej funkcji białka metodami modelowania homologicznego;
- Eksploracja danych tekstowych zgromadzonych w bazie danych NCBI PubMed.
aparatura:
- Wysokowydajny klaster obliczeniowy oparty o architekturę procesorów x86_64 pod kontrolą systemu CentOS;
- System kolejkowania zadań PBS.
usługi:
- Rozwój oprogramowania komputerowego wspomagającego budowę i parametryzację cząsteczek i układów molekularnych;
- Parametryzacja cząsteczek o aktywności biologicznej.
- Metody mechaniki molekularnej;
- Metody modelowania homologicznego.
doświadczenie / referencje / realizacje:
- Współpraca naukowa z dr T. Rogiem z Tampere University of Technology, Finlandia, prof. K. Subczyńskim z Medical College of Wisconsin, USA, prof. A. Kusumi z Kyoto University, Japonia, prof. Geraldem Knellerem z Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, Orléans, Francja;
- Atomowy opis struktury dynamicznej interfazy woda/błona – wykazanie obecności pomostów wodnych, wody kotwiczącej w obszarze interfazy, oddziaływań elektrostatycznych;
- Badanie wpływu cholesterolu na własności błony lipidowej;
- Wyjaśnienie roli pozycji wiązania podwójnego w łańcuchach acylowych fosfolipidów w efekcie porządkującym cholesterolu na błony;
- Budowa oraz scharakteryzowanie błon galaktolipidowych w fazie lamelarnej i heksagonalnej – stworzenie modelu błon tylakoidów (komórki roślinnej);
- Budowa oraz scharakteryzowanie modeli wewnętrznej i zewnętrznej błony bakteryjnej;
- Wykazanie braku stereospecyficzności w oddziaływaniach chiralnych anestetyków lokalnych z błoną lipidową;
- Wykazanie korelacji między toksycznym działaniem niesteroidowych leków przeciwzapalnych a ich bezpośrednim oddziaływaniem z lipidami błonowymi;
- Wykazanie istotnego wpływu ciężkiej wody na własności dynamiczne błon;
- Zbudowanie relacyjnej bazy danych MySQL dla danych z PubMed, zaprojektowanie i wykonanie interfejsu do tej bazy kompatybilnego z systemem MoinMoin, zaimplementowanie metody wyszukiwania pokrewnych tematycznie dokumentów, wykorzystującej profile MeSH.
forma współpracy: usługi badawcze, konsorcjum, projekt, inne
rodzaj usług badawczych: pomiary, analiza, ekspertyza, wynajem aparatury
informacja / kontakt broker Uniwersytetu Jagiellońskiego
imię i nazwisko:
telefon: + 48 12 664 42 00
email: cittru@uj.edu.pl
