BAZA USŁUG BADAWCZYCH
Uniwersytetu Jagiellońskiego
Ośrodek Bioinformatyki Małopolskie Centrum Biotechnologii
słowa kluczowe: bioinformatyka, biotechnologia, mechanizmy biofizyczne, funkcjonowanie błon komórkowych, struktura białka, funkcje białka, modelowanie homologiczne, eksploracja danych tekstowych, PubMed, biochemia, biofizyka, biotechnologia
numer oferty: 95
tematyka badań:
  • Podstawowe biofizyczne mechanizmy odpowiedzialne za funkcjonowanie błon komórkowych;
  • Przewidywanie struktury i biologicznej funkcji białka metodami modelowania homologicznego;
  • Eksploracja danych tekstowych zgromadzonych w bazie danych NCBI PubMed.
aparatura:
  • Wysokowydajny klaster obliczeniowy oparty o architekturę procesorów x86_64 pod kontrolą systemu CentOS;
  • System kolejkowania zadań PBS.
usługi:
  • Rozwój oprogramowania komputerowego wspomagającego budowę i parametryzację cząsteczek i układów molekularnych;
  • Parametryzacja cząsteczek o aktywności biologicznej.
Stosowane metody badawcze:
  • Metody mechaniki molekularnej;
  • Metody modelowania homologicznego.
doświadczenie / referencje / realizacje:
  • Współpraca naukowa z dr T. Rogiem z Tampere University of Technology, Finlandia, prof. K. Subczyńskim z Medical College of Wisconsin, USA, prof. A. Kusumi z Kyoto University, Japonia, prof. Geraldem Knellerem z Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, Orléans, Francja;
  • Atomowy opis struktury dynamicznej interfazy woda/błona – wykazanie obecności pomostów wodnych,  wody kotwiczącej w obszarze interfazy, oddziaływań elektrostatycznych;
  • Badanie wpływu cholesterolu na własności błony lipidowej;
  • Wyjaśnienie roli pozycji wiązania podwójnego w łańcuchach acylowych fosfolipidów w efekcie porządkującym cholesterolu na błony;
  • Budowa oraz scharakteryzowanie błon galaktolipidowych w fazie lamelarnej i heksagonalnej – stworzenie modelu błon tylakoidów (komórki roślinnej);
  • Budowa oraz scharakteryzowanie modeli wewnętrznej i zewnętrznej błony bakteryjnej;
  • Wykazanie braku stereospecyficzności w oddziaływaniach chiralnych anestetyków lokalnych z błoną lipidową;
  • Wykazanie korelacji między toksycznym działaniem niesteroidowych leków przeciwzapalnych a ich bezpośrednim oddziaływaniem z lipidami błonowymi;
  • Wykazanie istotnego wpływu ciężkiej wody na własności dynamiczne błon;
  • Zbudowanie relacyjnej bazy danych MySQL dla danych z PubMed, zaprojektowanie i wykonanie interfejsu do tej bazy kompatybilnego z systemem MoinMoin, zaimplementowanie metody wyszukiwania pokrewnych tematycznie dokumentów, wykorzystującej profile MeSH.
forma współpracy: usługi badawcze, konsorcjum, projekt, inne
rodzaj usług badawczych: pomiary, analiza, ekspertyza, wynajem aparatury

informacja / kontakt broker Uniwersytetu Jagiellońskiego

imię i nazwisko:
telefon: + 48 12 664 42 00
AKTUALNOŚCI
NAJNOWSZE INFORMACJE
Spacer przyszłości wśród historii

Zabytki oraz przedmioty zabytkowe są ważnym elementem naszej historii i świadectwem przeszłych pokoleń. Jednak do części z nich dostęp jest mocno utrudniony, są w szczątkowej formie lub nie jest możliwe prezentowanie ich w innym miejscu. W takich sytuacjach z pomocą przychodzą nowe technologie.

Dzień Ziemi – jak Uniwersytet pomaga w walce o zielone jutro?
Światowy Dzień Ziemi to różnego rodzaju akcje, których celem jest promowanie postaw proekologicznych w społeczeństwie. Uniwersytet Jagielloński również nie pozostaje obojętny na problemy związane z zanieczyszczeniem środowiska oraz zbytnim eksploatowaniem naszej planety.
Choroby neurologiczne – nowe leki. Czym zajmują się naukowcy z Wydziału Farmaceutycznego UJ CM
Corocznie, od 1950 roku, w dniu 7 kwietnia, w rocznicę powstania Światowej Organizacji Zdrowia obchodzony jest Światowy Dzień Zdrowia. Tego dnia chcielibyśmy zwrócić uwagę na grupę naukowców z Wydziału Farmaceutycznego Uniwersytetu Jagiellońskiego, którzy w swoich badaniach naukowych od wielu lat koncentrują się na poszukiwaniu nowych substancji biologicznie aktywnych, działających na ośrodkowy układ nerwowy, z myślą o stworzeniu nowych leków w różnych wskazaniach terapeutycznych, obejmujących przede wszystkim choroby psychiczne i neurodegeneracyjne, padaczkę, ból neuropatyczny czy wspomaganie walki z otyłością.
ZESPÓŁ
NASI PRACOWNICY
PARTNERZY
Klaster Lifescience KrakówPACTTJagiellońskie Centrum Innowacji
Kontakt
SKONTAKTUJ SIĘ Z NAMI
Centrum Transferu Technologii CITTRU
Uniwersytet Jagielloński
ul. Bobrzyńskiego 14,
30-348 Kraków

TELEFON:
+48 12 664 42 00
E-MAIL:
cittru@uj.edu.pl
Fundusze EuropejskieMNiSWInkubator InnowacyjnościUnia Europejska