BAZA USŁUG BADAWCZYCH
Uniwersytetu Jagiellońskiego
Ośrodek Bioinformatyki Małopolskie Centrum Biotechnologii
słowa kluczowe: bioinformatyka, biotechnologia, mechanizmy biofizyczne, funkcjonowanie błon komórkowych, struktura białka, funkcje białka, modelowanie homologiczne, eksploracja danych tekstowych, PubMed, biochemia, biofizyka, biotechnologia
numer oferty: 95
tematyka badań:
  • Podstawowe biofizyczne mechanizmy odpowiedzialne za funkcjonowanie błon komórkowych;
  • Przewidywanie struktury i biologicznej funkcji białka metodami modelowania homologicznego;
  • Eksploracja danych tekstowych zgromadzonych w bazie danych NCBI PubMed.
aparatura:
  • Wysokowydajny klaster obliczeniowy oparty o architekturę procesorów x86_64 pod kontrolą systemu CentOS;
  • System kolejkowania zadań PBS.
usługi:
  • Rozwój oprogramowania komputerowego wspomagającego budowę i parametryzację cząsteczek i układów molekularnych;
  • Parametryzacja cząsteczek o aktywności biologicznej.
Stosowane metody badawcze:
  • Metody mechaniki molekularnej;
  • Metody modelowania homologicznego.
doświadczenie / referencje / realizacje:
  • Współpraca naukowa z dr T. Rogiem z Tampere University of Technology, Finlandia, prof. K. Subczyńskim z Medical College of Wisconsin, USA, prof. A. Kusumi z Kyoto University, Japonia, prof. Geraldem Knellerem z Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, Orléans, Francja;
  • Atomowy opis struktury dynamicznej interfazy woda/błona – wykazanie obecności pomostów wodnych,  wody kotwiczącej w obszarze interfazy, oddziaływań elektrostatycznych;
  • Badanie wpływu cholesterolu na własności błony lipidowej;
  • Wyjaśnienie roli pozycji wiązania podwójnego w łańcuchach acylowych fosfolipidów w efekcie porządkującym cholesterolu na błony;
  • Budowa oraz scharakteryzowanie błon galaktolipidowych w fazie lamelarnej i heksagonalnej – stworzenie modelu błon tylakoidów (komórki roślinnej);
  • Budowa oraz scharakteryzowanie modeli wewnętrznej i zewnętrznej błony bakteryjnej;
  • Wykazanie braku stereospecyficzności w oddziaływaniach chiralnych anestetyków lokalnych z błoną lipidową;
  • Wykazanie korelacji między toksycznym działaniem niesteroidowych leków przeciwzapalnych a ich bezpośrednim oddziaływaniem z lipidami błonowymi;
  • Wykazanie istotnego wpływu ciężkiej wody na własności dynamiczne błon;
  • Zbudowanie relacyjnej bazy danych MySQL dla danych z PubMed, zaprojektowanie i wykonanie interfejsu do tej bazy kompatybilnego z systemem MoinMoin, zaimplementowanie metody wyszukiwania pokrewnych tematycznie dokumentów, wykorzystującej profile MeSH.
forma współpracy: usługi badawcze, konsorcjum, projekt, inne
rodzaj usług badawczych: pomiary, analiza, ekspertyza, wynajem aparatury

informacja / kontakt broker Uniwersytetu Jagiellońskiego

imię i nazwisko:
telefon: + 48 12 664 42 00
AKTUALNOŚCI
NAJNOWSZE INFORMACJE
Zapraszamy do obejrzenia plakatów, które były prezentowane w ramach Demo Day II +
W styczniu zakończy się projekt realizowany przez CTT CITTRU w ramach programu Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego - Inkubator Innowacyjności+. Wsparliśmy między innymi wybranych w konkursie 18 zespołów badawczych, które pracują nad nowatorskimi technologiami. Dzięki środkom przyznanym przez CTT CITTRU sfinansowane zostały prace przedwdrożeniowe, które umożliwiły podniesienie atrakcyjności tych wynalazków i zwiększyły zainteresowanie nimi inwestorów
Innowacyjny preparat dla ryb
Naukowcy związani z Uniwersytetem Jagiellońskim opracowali, a następnie opatentowali preparat wykorzystywany w profilaktyce i leczeniu ryb. Środek jest już dostępny na rynku i może być stosowany zarówno u ryb ozdobnych, jak i tych przeznaczonych do konsumpcji.
Naukowcy z UJ odkryli nieoczekiwane działanie protoporfiryn
Metoda opatentowana przez naukowców z UJ daje nadzieję na skuteczniejsze leczenie osób wymagających przeszczepu komórek krwiotwórczych. Badacze analizują substancję, która może lepiej mobilizować komórki, niż lek standardowo stosowany u pacjentów.
ZESPÓŁ
NASI PRACOWNICY
PARTNERZY
Klaster Lifescience KrakówPACTTJagiellońskie Centrum Innowacji
Kontakt
SKONTAKTUJ SIĘ Z NAMI
Centrum Transferu Technologii CITTRU
Uniwersytet Jagielloński
ul. Bobrzyńskiego 14,
30-348 Kraków

TELEFON:
+48 12 664 42 00
E-MAIL:
cittru@uj.edu.pl
Fundusze EuropejskieMNiSWInkubator InnowacyjnościUnia Europejska