Ośrodek Bioinformatyki Małopolskie Centrum Biotechnologii | Centrum Transferu Technologii CITTRU Uniwersytetu Jagiellońskiego

BAZA USŁUG BADAWCZYCH

Uniwersytetu Jagiellońskiego

Ośrodek Bioinformatyki Małopolskie Centrum Biotechnologii

słowa kluczowe: bioinformatyka, biotechnologia, mechanizmy biofizyczne, funkcjonowanie błon komórkowych, struktura białka, funkcje białka, modelowanie homologiczne, eksploracja danych tekstowych, PubMed, biochemia, biofizyka, biotechnologia

numer oferty: 95

tematyka badań:

Podstawowe biofizyczne mechanizmy odpowiedzialne za funkcjonowanie błon komórkowych;
Przewidywanie struktury i biologicznej funkcji białka metodami modelowania homologicznego;
Eksploracja danych tekstowych zgromadzonych w bazie danych NCBI PubMed.

aparatura:

Wysokowydajny klaster obliczeniowy oparty o architekturę procesorów x86_64 pod kontrolą systemu CentOS;
System kolejkowania zadań PBS.

usługi:

Rozwój oprogramowania komputerowego wspomagającego budowę i parametryzację cząsteczek i układów molekularnych;
Parametryzacja cząsteczek o aktywności biologicznej.

Stosowane metody badawcze:

Metody mechaniki molekularnej;
Metody modelowania homologicznego.

doświadczenie / referencje / realizacje:

Współpraca naukowa z dr T. Rogiem z Tampere University of Technology, Finlandia, prof. K. Subczyńskim z Medical College of Wisconsin, USA, prof. A. Kusumi z Kyoto University, Japonia, prof. Geraldem Knellerem z Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, Orléans, Francja;
Atomowy opis struktury dynamicznej interfazy woda/błona – wykazanie obecności pomostów wodnych, wody kotwiczącej w obszarze interfazy, oddziaływań elektrostatycznych;
Badanie wpływu cholesterolu na własności błony lipidowej;
Wyjaśnienie roli pozycji wiązania podwójnego w łańcuchach acylowych fosfolipidów w efekcie porządkującym cholesterolu na błony;
Budowa oraz scharakteryzowanie błon galaktolipidowych w fazie lamelarnej i heksagonalnej – stworzenie modelu błon tylakoidów (komórki roślinnej);
Budowa oraz scharakteryzowanie modeli wewnętrznej i zewnętrznej błony bakteryjnej;
Wykazanie braku stereospecyficzności w oddziaływaniach chiralnych anestetyków lokalnych z błoną lipidową;
Wykazanie korelacji między toksycznym działaniem niesteroidowych leków przeciwzapalnych a ich bezpośrednim oddziaływaniem z lipidami błonowymi;
Wykazanie istotnego wpływu ciężkiej wody na własności dynamiczne błon;
Zbudowanie relacyjnej bazy danych MySQL dla danych z PubMed, zaprojektowanie i wykonanie interfejsu do tej bazy kompatybilnego z systemem MoinMoin, zaimplementowanie metody wyszukiwania pokrewnych tematycznie dokumentów, wykorzystującej profile MeSH.

forma współpracy: usługi badawcze, konsorcjum, projekt, inne

rodzaj usług badawczych: pomiary, analiza, ekspertyza, wynajem aparatury