• stosowanie mikroorganizmów w rolnictwie ekologicznym i fitoremediacji terenów zanieczyszczonych metalami ciężkimi; 
• analiza roślin pod względem zawartości metali ciężkich, obecności grzybów endofitycznych i mykoryzowych;
• wpływ czynników środowiska na ekspresję genów w roślinach;
• mikrobiologia powietrza, budynków, dzieł sztuki i tekstyliów.

• AAS (atomic absorption spectrometer);
• aparat HPLC (high-performance liquid chromatography);
• real-time PCR Thermal Cycler;
• spektrofotometr;
• mikroskop świetlny i fluorescencyjny;
• mikroskop stereoskopowy;
• komora laminarna;
• komora PCR;
• komory klimatyczne do hodowli roślin;
• inkubatory CO2;
• inkubatory do hodowli grzybów i bakterii;
• inkubatory z wytrząsaniem;
• aparat do elektroforezy poziomej i pionowej;
• urządzenie do elektrotransferu białek;
• wirówka z chłodzeniem;
• laboratorium badań grzybów in vitro;
• laboratorium hodowli roślin in vitro;
• laboratorium HPLC (high-performance liquid chromatography);
• laboratorium badań genetycznych;
• laboratorium analiz nieorganicznych;
• szklarnia doświadczalna (z automatycznymi zasłonami cieniująco-termoizolacyjnymi i zaciemniającymi, instalacją do doświetlania roślin, centralnego ogrzewania i nawodnieniową, przesuwnymi stołami uprawowymi oraz komputerowym systemem sterowania urządzeniami i klimatem).

• selekcja roślin do fitoremediacji;
• fitoremediacja terenów zanieczyszczonych metalami ciężkimi;
• opracowanie bionawozów do inokulacji drzew i roślin zielnych w terenach zdegradowanych;
• inokulacja roślin grzybami mykoryzowymi;
• inokulacja roślin rzadkich i chronionych (Natura 2000, Parki Narodowe) grzybami mykoryzowymi;
• produkcja inokulum do upraw z ekologiczną żywnością;
• ocena efektywności szczepionek mykoryzowych;
• analiza zawartości metali ciężkich w roślinach i podłożu;
• modyfikacja oddziaływań roślin z grzybami endofitycznymi;
• kontrola mykologiczna trawników (np. pola golfowe);
• monitoring stanu fizjologicznego roślin;
• analizy mikrobiologiczne podłoża, powietrza, wody i drewna;
• analizy mikrobiologiczne budynków;
• analizy mikrobiologiczne dzieł sztuki i tekstyliów;
• analizy fitopatologiczne drzew i roślin zielnych;
• synteza nanocząsteczek z użyciem mikroorganizmów i roślin (green technology);
• analiza toksyczności nanocząsteczek względem grzybów i roślin;
• bioremediacja terenów przemysłowych z wykorzystaniem nanocząsteczek;
• wykorzystanie nanocząsteczek w produkcji tworzyw sztucznych odpornych na bakterie;
• wprowadzenie różnych gatunków roślin do hodowli in vitro;
• mikrorozmnażanie i różnicowanie roślin trudnych w hodowli;
• analiza genetyczna polimorfizmu w roślinach;
• analiza genetyczna roślin przeznaczonych do fitoremediacji;
• klonowanie i charakterystyka genów metabolizmu metali ciężkich w roślinach;
• fitoremediacja obszarów zdegradowanych;
• ochrona roślin rzadkich;
• zwiększenie bioróżnorodności gleb i roślinności;
• konserwacja dzieł sztuki;
• monitoring mikrobiologicznej czystości powietrza;
• wykorzystanie nanocząsteczek w bioremediacji.

Badania naukowe w ramach grantów Unii Europejskiej:

• Ocena toksyczności gleb przy zastosowaniu grzybów arbuskularnych w ramach współpracy międzynarodowej;
• Sposoby detoksyfikacji metali ciężkich u roślin mykoryzowych oraz glonów z terenu hałdy pirytowej w Portugalii;
• Wprowadzenie roślin kserotermicznych na teren hałd cynkowo-ołowiowych; zaproponowano nową metodę rekultywacji hałd przemysłowych o wysokim stężeniu metali ciężkich i pH podłoża bliskiego W eksperymencie zastosowano kilkanaście gatunków roślin, które dotychczas nie były proponowane w fitoremediacji;
• Wpływ radioaktywnego cezu na wzrost grzybów saprobowych i mykoryzowych. Badania te będą stanowiły podstawę do opracowania metod fitoremediacji terenów skażonych radioaktywnie;
• Ekotoksykologia nanocząsteczek srebra w fitoekstrakcji cezu;
• Opracowanie konsorcjum bakteryjno-grzybowego do rekultywacji hałd przemysłowych z demonstracją efektów w kilku krajach Unii Europejskiej;
• Przekaz sygnału świetlnego od fototropin w roslinach wyższych;
• Rola światła widzialnego i cukrów w odpowiedzi roślin na promieniowanie UVB;
• Rola fitochromu w regulacji rozkładu materiałów zapasowych w kiełkujących roślinach pomidora;
• Calcium and light signals in photosynthetic organism.