Baza programów Open Source
Uniwersytetu Jagiellońskiego
Program komuterowy do analizy danych i wizualizacji wyników z metody RT-qPCR
słowa kluczowe: program komputerowy, analiza danych, wizualizacja wyników, metoda
numer oferty:

Ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy w czasie rzeczywistym (ang. real time quantitative polymerase chain reaction, qPCR) to metoda analityczna szeroko stosowana w diagnostyce oraz badaniach naukowych. W metodzie tej poziom ekspresji badanych genów jest wyznaczany w odniesieniu do genu lub genów referencyjnych. Zakłada się, iż poziom tych genów jest  stały niezależnie od czynników środowiskowych, jakim podlega komórka, lub od jej stanu fizjologicznego Dobór właściwego genu/genów kontrolnych jest bardzo ważnym etapem. Dokonany jedynie na podstawie literatury, może skutkować błędnym wyznaczeniem poziomu ekspresji genów badanych, a co za tym idzie – błędną interpretacją wyników.

W opracowanym narzędziu stosuje się rozbicie grupy analizowanych próbek (model eksperymentalny) na szereg podmodeli składających się z mniejszej liczby próbek (minimalnie z dwóch), a następnie wytypowanie w każdym z tych modeli najlepszego genu referencyjnego z grupy analizowanych w danym eksperymencie potencjalnych genów referencyjnych, z wykorzystaniem znanego algorytmu Norm- Finder. Wytypowany w ten sposób gen lub para genów będących najlepszą referencją w danym modelu stanowi następnie podstawę do obliczenia ekspresji względnej genów badanych w poszczególnych modelach i przeprowadzenia walidacji spójności otrzymanych wyników.

W ramach każdego z modeli prowadzone są analizy statystyczne bazujące na odpowiednio dobranych testach, pokazujące istotności statystyczne różnic w ekspresji genu badanego w obrębie danego modelu. Kolejnym etapem jest porównanie spójności otrzymanych wyników/wartości i ich statystycznej istotności dla danego genu badanego w obrębie wszystkich badanych modeli. Program wyznacza tzw. coherence score (współczynnik spójności) opisujący poziom spójności otrzymanych wyników. Osiągnięcie niezadowalającej wartości tego współczynnika – poniżej akceptowalnej przez badacza – prowadzi do kolejnego etapu analizy, tj. ponownego wyboru genów referencyjnych we wszystkich badanych modelach, ale odbywa się on po uprzednim usunięciu z listy potencjalnych genów referencyjnych tego, który na poprzednim etapie uzyskał najsłabszy poziom stabilności (czyli np. z grupy wyjściowych n genów referencyjnych usuwany jest ten o najsłabszym wyniku stabilności i następnie właściwy gen referencyjny jest wybierany spośród pozostałych n-1 potencjalnych genów referencyjnych).

Nowe rozwiązanie łączy w sobie funkcjonalności programów wyznaczających najlepsze geny referencyjne oraz programów typu arkusze kalkulacyjne, które pozwalają na analizę poziomu ekspresji genu badanego, analizę statystyczną i interpretację graficzną wyników. Jego istotnymi elementami są zaimplementowanie określonego schematu analizy danych RT-qPCR (usuwanie genów o najsłabszej stabilności z następującą po tym analizą danych surowych) oraz wprowadzenie wartości współczynnika spójności określającego rzetelność/wiarygodność przeprowadzonej analizy. Usprawnieniem całości procesu jest też automatyczne generowanie tabel oraz wykresów pudełkowych prezentujących otrzymane wyniki analizy, włącznie z zaznaczonymi na wykresie istotnościami statystycznymi między badanymi elementami danego modelu (ryc. 1). Program umożliwia jednoczesną i niezależną analizę wielu genów badanych.

 
przykładowe wyniki analizy przedstawione na wykresach

 


Opracowane narzędzie informatyczne umożliwia:

1) selekcję referencji, o ulepszonej wartości stabilności, z wyjściowej puli potencjalnych genów referencyjnych;

2) określenie rzeczywistego poziomu ekspresji genów badanych;

3) prawidłową interpretację biologiczną wyników na podstawie kompleksowej analizy danych surowych otrzymanych w reakcji RT-qPCR dla wieloelementowych modeli eksperymentalnych (duże grupy badawcze złożone z linii komórkowych, próbek pobranych od pacjentów lub zwierząt).



Poniżej (po kliknięciu) ulotka promująca wynalazek.

ulotka wynalazku analiza dancyh i wizualizacja wyników



Program został niniejszym udostępniony nieodpłatnie na zasadach tzw. trzyklauzulowej licencji BSD.

Copyright 2021 Uniwersytet Jagielloński, Dr hab. Dorota Hoja-Łukowicz, prof. UJ, Dr Marcelina Janik.

 

1 Redystrybucje kodu źródłowego muszą zawierać powyższą informację o prawach autorskich, niniejszą listę warunków i poniższe zastrzeżenie.

 

2. Redystrybucje w formie binarnej muszą zawierać powyższą informację o prawach autorskich, tę listę warunków i poniższe wyłączenie odpowiedzialności w dokumentacji i/lub innych materiałach dostarczonych wraz z dystrybucją.

 

3. Ani nazwisko właściciela praw autorskich, ani nazwiska jego współautorów nie mogą być używane do popierania lub promowania produktów wywodzących się z tego oprogramowania bez uprzedniej pisemnej zgody.

PROGRAM DO POBRANIA:
GenExpA.zip



Logotypy: Fundusze Europejskie, Rzeczpospolita Polska, Unia Europejska
branża: biologia, biotechnologia, medycyna

informacja / kontakt broker Uniwersytetu Jagiellońskiego

imię i nazwisko: Renata Bartoszewicz
telefon: +48 12 664 42 08, +48 515 493 518
AKTUALNOŚCI
NAJNOWSZE INFORMACJE
InPhoCat – Laureat konkursu Innovator Małopolski 13
Firma InPhoCat – Innovative Photocatalytic Solutions Sp. z o. o. została wyróżniona za opracowanie i wdrożenie innowacyjnego preparatu, który aktywuje samoczyszczące fotokatalityczne powłoki z dwutlenkiem tytanu (TiO2) i zwiększa skuteczność ich działania.
Pe3Dish - kodowle komórkowe w 3D
Do tej pory w laboratoriach hodowano komórki w warunkach 2D, dziś przedstawiamy wam innowację pozwalającą na prowadzenie hodowli w 3D!
Program komputerowy do analizy danych i wizualizacji wyników z metody RT-qPCR
Nowe narzędzie informatyczne do analizy danych i wizualizacji wyników z metody RT-qPCR opracowane przez zespół naukowy z Wydziału Biologii z Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.
ZESPÓŁ
NASI PRACOWNICY
PARTNERZY
Klaster Lifescience KrakówPACTTJagiellońskie Centrum Innowacji
Kontakt
SKONTAKTUJ SIĘ Z NAMI
Centrum Transferu Technologii CITTRU
Uniwersytet Jagielloński
ul. Bobrzyńskiego 14,
30-348 Kraków

TELEFON:
+48 12 664 42 00
E-MAIL:
cittru@uj.edu.pl
Fundusze EuropejskieMNiSWInkubator InnowacyjnościUnia Europejska