GenExA - narzędzie open source do analizy oraz wizualizacji wyników badań
GenExA to narzędzie służące do analizy danych i wizualizacji wyników z metody RT-qPCR - Ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym, opracowane na Uniwersytecie Jagiellońskim.

Analiza surowych danych to bardzo ważny etap prowadzenia badań. Na jej podstawie  interpretowane są  rezultaty i wyciągane wnioski. Coraz większa złożoność prac eksperymentalnych, jak i większa ilość otrzymanych wyników powoduje, iż naukowcy sięgają po narzędzia informatyczne ułatwiające analizy.

Jednym z takich narzędzi jest program komputerowy GenExA, który został opracowany przez zespół naukowy z Wydziału Biologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. GenExA służy do analizy danych i wizualizacji wyników z metody RT-qPCR - Ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym. W metodzie tej poziom ekspresji badanych genów analizowany jest względem genu/genów referencyjnych, czyli takich, których poziom ekspresji powinien być stały niezależnie od czynników środowiskowych jakim podlega komórka lub jej stanu fizjologicznego. Dobór właściwego genu/genów kontrolnych jest istotnym etapem. Niepoprawnie wyznaczony gen referencyjny może skutkować błędnym oznaczeniem poziomu ekspresji genów badanych, a co za tym idzie – błędną interpretacją wyników.

Na rynku istnieją ogólnie dostępne programy do wybory referencji. Ich algorytmy posiadają jednak pewne ograniczenia, które czasem prowadzą do błędnej interpretacji wyników. Chcąc rozwiązać ten problem dr hab. Dorota Hoja-Łukowicz, prof. UJ oraz dr Marcelina Janik z Wydziały Biologii UJ stworzyły GenExA – program działający w oparciu o nowatorską metodę. Nowe rozwiązanie łączy w sobie funkcjonalności programów wyznaczających najlepsze geny referencyjne oraz programów typu arkusze kalkulacyjne, które pozwalają na analizę poziomu ekspresji genu badanego, analizę statystyczną i interpretację graficzną wyników.

Program GenExA został udostępniony jako open source do pobrania na ScienceMarket’cie – bazie wynalazków, usług badawczych oraz Open Source UJ. Program do pobrania TUTAJ.

Opracowane narzędzie informatyczne umożliwia:

1) selekcję referencji, o ulepszonej wartości stabilności, z wyjściowej puli potencjalnych genów referencyjnych;

2) określenie rzeczywistego poziomu ekspresji genów badanych i

3) prawidłową interpretację biologiczną wyników na podstawie kompleksowej analizy danych surowych otrzymanych w reakcji RT-qPCR dla wieloelementowych modeli eksperymentalnych (duże grupy badawcze złożone z linii komórkowych, próbek pobranych od pacjentów lub zwierząt).

Obecnie Centrum Transferu Technologii CITTRU UJ poszukuje podmiotów zainteresowanych współpracą przy wdrażaniu wynalazku.

Narzędzie informatyczne zostało opracowane z funduszy grantowych Narodowego Centrum Nauki, Polska (projekt badawczy nr 2016/21/B/NZ3/00348).

 

Logotypy: Fundusze Europejskie, Rzeczpospolita Polska, Unia Europejska

 
AKTUALNOŚCI
NAJNOWSZE INFORMACJE
Zapobieganie samobójstwom wśród osób pozbawionych wolności - Przewodnik dla funkcjonariuszy Służby Więziennej
W polskiej Służbie Więziennej tematyka prewencji suicydalnej jest istotnym zagadnieniem. Stale prowadzony jest monitoring prób samobójczych wśród osób pozbawionych wolności w Polsce przez Centralny Zarząd Służby Więziennej.
Naturalna i bezpieczna opalenizna – czy to możliwe?
Opalanie i wypoczynek na słońcu to jedna z najpopularniejszych form spędzania czasu podczas urlopu. Promienie słoneczne towarzyszą nam wszędzie – nie tylko podczas wylegiwania się na plaży, ale także gdy kąpiemy się w wodzie, spacerujemy po mieście, wędrujemy górskimi szlakami czy jeździmy na rowerze, rolkach czy nartach.
Innowacyjne rozwiązania informatyczne wykorzystywane w Life Science
Life science to nauka poświęcona jednemu z najważniejszych jeśli nie najważniejszemu obszarowi - ludzkiemu życiu. Zespoły naukowe na całym świecie nieustannie pracują nad stworzeniem innowacyjnych produktów mających na celu poprawić jakość naszego życia i zdrowia. Rosnące wymagania, walka z czasem, jak również coraz większa precyzja i efektywność uzyskiwanych algorytmów sprawia, iż rozwiązania IT coraz częściej wykorzystywane są w medycynie, farmacji i naukach biologicznych.
ZESPÓŁ
NASI PRACOWNICY
PARTNERZY
Klaster Lifescience KrakówPACTTJagiellońskie Centrum Innowacji
Kontakt
SKONTAKTUJ SIĘ Z NAMI
Centrum Transferu Technologii CITTRU
Uniwersytet Jagielloński
ul. Bobrzyńskiego 14,
30-348 Kraków

TELEFON:
+48 12 664 42 00
E-MAIL:
cittru@uj.edu.pl
Fundusze EuropejskieMNiSWInkubator InnowacyjnościUnia Europejska